臨済禅師第十七世の法孫、大明国師を開祖とする。開基の亀山天皇は大明国師に深く帰依し、法皇となり正応４（１２９１）年法皇の離宮を施捨して禅寺とする。歴代住職は禅僧の最も傑出した人が勅請で住職し、五山之利により「五山之上」に位置づけられる。